Vor längst vergangener Zeit existierten in Europa zwei Clans, die für die Machthaber der Zeit über die Geschichte wachten: Die Umbra-Hexen, Bewohner der Dunkelheit und die Lumen-Weisen, Herrscher des Lichts.
Die beiden Clans lebten im gegenseitigen Respekt und ihre Bemühungen um das Gleichgewicht gewährleisteten den gerechten Lauf der Zeit. Eines Tages jedoch geriet dieses Gleichgewicht ins Wanken. Die einst friedlichen Clans verfielen in Streit und Uneinigkeit. Hass auf den anderen entbrannte und läutete eine Zeit der Zwietracht ein. Durch den Konflikt zwischen Umbra und Lumen geriet Europa in einen chaotischen Kreislauf aus Kampf, Hinterhalt, Attentat und Opfer.
Ein wahrlich grausamer Krieg. Trotz des enorm hellen Lichts, das durch Gott auf sie schien wurden die Lumen-Weisen von den Angriffen der geheimen Hexen der Dunkelheit zunehmend geschwächt. Viele Jahre nach Verlust des Gleichgewichts endete der Krieg zugunsten der Umbra-Hexen. Ihr Krieg war von kurzer Dauer. Aus Angst vor den dunklen Mächten der Hexen verdammten die Menschen die überlebenden Umbra. Mit ihren Hexenjagden fingen sie die vom Kampf geschwächten Gegner ohne Widerstand und bezwangen all jene die sich wehrten. Der Glaube der Menschen in die Wunder ihres Gottes trieb die Hexenjagd weiter voran, und schon bald verschwanden die Umbra-Hexen, Hüter der Dunkelheit, von der Erde.
Alle, bis auf eine!
Bayonetta! Fünfhundert Jahre gefangen in einem Schlaf, wachte sie auf dem Grund eines Sees auf, nicht wissend wer sie war, oder wo sie herkam. Allein Rodin, ein Ex-Engel und Enzo, ein dicker Mann, halfen ihr, ihre Vergangenheit zu ergründen. Zwanzig Jahre später, tauchten zum ersten Mal die Gerüchte über "die Augen der Welt" auf. Eine geheimnisvolle Frau, Jeanne, schien ihr immer wieder aufzulauern, sich ihr immer wieder in den Weg zu stellen, bis Bayonetta begriff, dass Jeanne etwas mit ihrer Vergangeheit zu tun hatte.
Ihr Weg führte sie auf Isla del Sol, zu Balder, dem letzten Lumen-Weisen der noch existierte. Allem voran aber ihr Vater. Ein unerbittlicher Kampf entbrannte zwischen den beiden, in dem ihr Schicksal besiegelt werden sollte. Das "linke Auge", im Besitz von Bayonetta und der größte Schatz, den die Umbra-Hexen besaßen, war der Schlüssel um Jubileus, die Schöperin, auferstehen zu lassen. Jeanne, manipuliert von Balder, schafft es, dass Siegel zu lösen und Bayonetta zur Hilfe zu eilen. Zusammen kämpfen sie gegen Jubileus und Bayonetta erkannte, dass Jeanne Freund, nicht Feind ist.
Zwei Jahre später, nachdem es gerade ruhig in Vigrid geworden war, taucht Enzo plötzlich bei Rodin auf und bittet Bayonetta um einen Gefallen. Er hatte einen neuen Auftrag für sie. Immer mehr Dämonen tauchen in Vigrid auf und Enzo kennt nur einen Weg, die Situation zu entschärfen. Er schreibt seinem alten Bekannten Dante einen Brief, bittete ihn nach Vigrid zu kommen und schlägt ihn Bayonetta als Partner vor. Wenig begeistert von der Sache, stimmt sie schließlich zu. Enzo verspricht Informationen zu beschaffen, verschwindet dabei aber spurlos. Weder Bayonetta, noch Dante wissen, was sie erwartet, als Dante sich auf den Weg nach Vigrid macht und Bayonetta verzweifelt versucht die Bewohner von Vigrid zu beschützen.
Auf Isla del Sol bereitet sich derweil jemand darauf vor, alle nötigen Informationen über Bayonetta aus dem dicken Italiener zu quetschen. Er brauch das "linke Auge", nur so kann er die Macht der Umbra-Hexen und der Lumen-Weisen an sich reißen und Herrscher über Zeit und Raum werden......